課程資訊
課程名稱
高等電腦模擬藥物設計
Advanced Computer-aided Drug Design 
開課學期
101-1 
授課對象
電機資訊學院  生醫電子與資訊學研究所  
授課教師
曾宇鳳 
課號
CSIE5154 
課程識別碼
922EU3830 
班次
 
學分
全/半年
半年 
必/選修
選修 
上課時間
星期三6,7,8(13:20~16:20) 
上課地點
 
備註
本課程以英語授課。上課地點:資R519,限修過化學資訊學。
總人數上限:40人 
Ceiba 課程網頁
http://ceiba.ntu.edu.tw/1011mds 
課程簡介影片
 
核心能力關聯
核心能力與課程規劃關聯圖
課程大綱
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
課程概述

TBA 

課程目標
TBA 
課程要求
 
預期每週課後學習時數
 
Office Hours
另約時間 備註: Please email for appointment 
指定閱讀
 
參考書目
Molecular Modelling for Beginners, 2nd Edition

Molecular Modeling and Simulation
An Interdisciplinary Guide Series: Interdisciplinary Applied Mathematics , Vol.
21
Schlick, Tamar

 
評量方式
(僅供參考)
 
No.
項目
百分比
說明
1. 
Subject Presentation 
20% 
 
2. 
Project 
30% 
Each of the student is responsible to design and work on a true drug modeling case 
3. 
Demo 
20% 
Each of the student is responsible to do a full tutorial on modeling software assigned 
4. 
Mid Exam 
30% 
 
 
課程進度
週次
日期
單元主題
第1週
09/12  Introduction to advanced computer-aided drug design 
第2週
09/19  An Intro to Drug Discovery and CADD -
The Forces between Molecules 
第3週
09/26  The force between molecules -
Balls on Springs/Molecular Mechanics 
第4週
10/03  Basic of File Format and Pymol 
第5週
10/10  國慶日放假/The National Day 
第6週
10/17  The Molecular Potential Energy Surface 
第7週
10/24  Molecular Mechanics Examples 
第8週
10/31  Sharing Out the Energy 
第9週
11/07  Introduction to Statistical Thermodynamics/Program Demo: Autodock Vina 
第10週
11/14  Force Fields/Program Demo: Swiss‐PdbViewer 
第11週
11/21  Nonbonded Computations  
第12週
11/28  Midterm Exam 
第13週
12/05  Multivariate Minimization in Computational Chemistry/Program Demo: VMD 
第14週
12/12  Monte Carlo Techniques/Program Demo: NAMD 
第15週
12/19  Molecular Dynamics(1)  
第16週
12/26  Molecular Dynamics(2) & Prefinal progress(2)/Program Demo: UCSF DOCK 
第17週
01/02  Molecular Dynamics(3) 
第18週
01/09  Final Project